Dal 284 all'anno 305 era imperatore romano Diocleziano, così chiamato perché era nato a Dioclea, città della Dalmazia; egli si era associato nell'impero il feroce Massimiliano, e due aiutanti, fra i quali il non meno feroce Galerio, Diocleziano ordinò una fiera persecuzione contro i cristiani. Talmente fu atroce questa persecuzione, che nella storia dell'epoca è conosciuta col nome di cc Era dei Martiri». Padova non andò immune da quella persecuzione, ed ebbe molti illustri martiri, ed anche qui come altrove furono eretti a nuovo o restaurati i vecchi templi pagani.

In quella stessa epoca un certo Collicio di religione pagana, vecchio militare nelle Legioni romane ed abitante ad Este, fece un voto per la salute dei due imperatori Diocleziano e Massimiliano, e nel Tempio di Este fece murare una targa di bronzo per sciogliere il voto da lui fatto.. Quella targa fu trovata in tempi recenti, verso il 1800, facendo degli scavi in una via della città di Este.

Nella Cronaca di Padova dell'Ongarello, prezioso manoscritto conservato nella nostra Biblioteca, trovasi scritto che nel 369 Padova fu colpita da un orrendo terremoto. Dice quella Cronaca che non vi fu parte alcuna della città che non ne sentisse gran danno, diroccò l'Arena, e l'Oratorio dedicato alla Beata Vergine, che era stato eretto da S. Prosdocimo, fu ridotto ad un ammasso di rovine. e rimase così più di un secolo, ed in tal modo andò perduta la memoria di tanti Martiri e Vescovi che in esso erano sepolti.

Nel 382 essendo Padova invasa da troppi mendicanti, i due imperatori allora regnanti, Valentiniano e Graziano, essendo qui venuti e vedendo quello sconcio, emanarono una legge, con la quale ordinavano che i medicanti veramente invalidi fossero ricoverati e quelli sani obbligati al lavoro dei campi.